提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
华媒:希腊华侨华人热议二十大 愿做好“双向桥梁”******
中新网10月17日电 据希腊《中希时报》报道,在中国共产党第二十次全国代表大会召开之际,多位旅居希腊的华侨华人表达了他们的期盼、祝福和对未来的展望。
希腊中国和平统一促进会会长吴海龙表示,热烈庆祝中共二十大胜利召开。我们华侨华人虽然身处异国,却始终与祖(籍)国心连心、同频共振,我们高度关注并祝贺中共二十大圆满成功。希腊中国和平统一促进会坚定不移地维护一个中国原则。今后将更紧密地团结各界侨胞,加强与希腊主流社会沟通,为实现中华民族伟大复兴贡献力量。
希腊《中希时报》总编辑汪鹏表示,《中希时报》将客观详实地宣传报道中共二十大,向当地社会讲好中国故事,发好中国声音,全面搭建“双向桥梁”,进一步展示真实、立体、全面的中国。同时,也希望中希两国以建交50周年为契机,巩固传统友谊,拓展务实合作,深化人文交流。
希腊中国福建总商会会长陈华美表示,中共二十大召开,我倍感欢欣鼓舞。今年又喜逢中希建交50周年。我们将借这个巨大的契机,为中华民族伟大复兴,为促进中希两国经贸合作、文化交流贡献侨智侨力。
希腊华侨华人总商会会长徐伟春表示,中共二十大报告中,提到加强和改进侨务工作,形成共同致力民族复兴的强大力量。这样有力量的语句,深深温暖海外侨胞的心,让我们和祖(籍)国荣辱与共。在今后的日子里,我们会在各自的专业领域和能力范围内,助力祖(籍)国建设发展。
希腊华侨华人总商会执行会长李昂表示,中共二十大在北京召开,是一件大事、喜事、盛事,我们海外侨胞都非常激动、非常关注。中国的飞速发展让我们感到特别的自豪。海外侨胞要发挥好自身优势,做好桥梁纽带,让世界更好地了解中国。
希腊华人华侨福建联合总会会长陈锋表示,中共二十大的召开,让中国迈出的步伐更稳健,让世界看到了一个更加强大的中国,也让世界看到了中国决心和心怀包容的气度。我们将一如既往发挥海外侨团的独特优势,进一步促进国与国之间民间交流,讲好中国故事,传播中国声音,共同发展、合作共赢,为推动构建人类命运共同体而努力。
中希友好华侨华人协会廖贤钰指出,在国际局势复杂动荡的大背景下,中共二十大意义更显特殊和重大,也因此举世瞩目,万众期待。中国将坚持以中国式现代化实现中华民族伟大复兴,继续积极推动构建人类命运共同体,以中国新发展给世界带来新机遇,为世界和平与发展和人类文明进步贡献智慧和力量。这是中国之福,也是世界之幸。
希腊闽商总商会会长陈千枝表示,中共二十大指明了未来的发展方向。当今世界正经历百年未有之大变局,中国的发展势不可挡,中华民族伟大复兴的梦想比任何时候都更加接近。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)