提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
江苏盐都:“农二代”逐梦希望的田野******
(新春走基层)江苏盐都:“农二代”逐梦希望的田野
中新网盐城1月31日电 题:江苏盐都:“农二代”逐梦希望的田野
中新网记者 于从文
农历正月初八,江苏盐城盐都区秦南镇,秦程食品公司兔年第一锅咸鸭蛋出锅了。“很多老顾客都在等着这锅蛋呢。”“87后”总经理程彤在生产间内外忙碌着。
年产700万枚咸鸭蛋的生产间里,既摆放着一排排传统盐水腌制咸鸭蛋的大桶,又安装了两台高效节能环保型智能腌制设备。程彤说,这两台新型设备是自主研发的专利,极大地提升了咸鸭蛋的产能和品质。
潘志鹏操作大棚内的物联网设备。 谷华 摄腌制咸鸭蛋对于出生在水乡的程彤来说,是“子承父业”。程彤的父亲在二十世纪九十年代就从事鸭蛋的腌制和销售。2012年,父亲打算把蛋品厂交给程彤。当时,大学毕业后已经在南京一家国企工作三年并成为业务经理的程彤真有点不情愿:“工作在写字楼,朝九晚五,压力也不大,事业处于上升期。”然而,父亲的蛋品厂粗放的生产方式,让程彤担心“走不远”,思量再三,他还是决定回来接过父亲的接力棒。
“咸鸭蛋到处都有,蛋白过咸、蛋黄不沙是咸鸭蛋普遍存在的问题。我对蛋品市场调研后认为,要做出自己的特色,必须走差异化竞争之路,做一种不太咸、更健康的咸鸭蛋。”程彤告诉中新网记者,他联合江苏省农科院专家经过两年攻关,研发了“低盐咸鸭蛋快速腌制技术”,并获得专利。通过自主研发的智能化腌制设备,咸鸭蛋的腌制周期从40多天缩短至15天左右,不仅蛋黄“流油”,而且含盐量比正常咸鸭蛋低30%到50%,适合现代人的健康理念。
潘志鹏在手机上查看大棚内温度、湿度等数据。 谷华 摄“小而美”的经营策略,让“秦程”咸鸭蛋在市场上脱颖而出,价格也水涨船高。程彤成立了养殖专业合作社,带动周边几十户养殖户致富。2022年,“秦程”蛋品实现销售1400多万元。
记者了解到,在盐都乡村大地上,活跃着300多位像程彤这样的40岁以下“农二代”,他们怀揣致富梦想和兴农技能,传承农业发展,为当地农业增效农民增收注入了新活力。
盐都区郭猛镇双鹏智慧农场的当家人是两位发小,出生于1992年的潘志鹏和刘小鹏。2013年,潘志鹏的父亲潘国胜流转了200亩土地种植葡萄和草莓,两年后他邀请大学毕业的刘小鹏回来经营农场,2018年,潘志鹏也回到农场。年轻人的思维活跃,通过走出去、请进来的方式向农业专家请教,从教科书和生产实践中步步摸索,慢慢由农业“门外汉”成长为“小能手”。
潘志鹏和刘小鹏深知传统种植管理模式已经落伍,一齐把目光瞄准物联网技术,对农场进行了智慧化改造。“现在,温度、湿度、通风、遮盖等各方面全部实现自动控制。”在农场大棚里,两人掏出手机给记者演示说,运用物联网技术,不仅能够精准控制,提高果品品质,而且节省了人工成本,200亩农场正常用工也就20人。
“看着植物生长,一天一个变化,每天都有新鲜感。”刘小鹏笑言,这是自己的农业情怀,是做其他工作没有的感受。去年,农场实现产值800多万元,净利润达300万元左右。
农业情怀同样藏在“快乐养猪人”顾金国的心头。“我做农业可算是专业对口了。”顾金国毕业于盐城生物工程学校畜牧专业,曾经在上海从事动物药品销售,生意做得红红火火。2015年,他带着3000万元资金,回到家乡秦南镇合兴村,创办了康农牧家庭农场从事养猪业。
在康农牧家庭农场,巡视、室温、饲喂、粪便清扫全部实现自动化,偌大的猪场正常用工只有13人,而且还是每3个月一轮换,平时在猪场内从事养殖管理的只有四五人。值得一提的是,这里清洁清毒程序非常严格,饲料运进、人员进入需要经过20分钟的消毒,饲养人员在外的穿着衣物一律不得带入,连手机都不能带进。“养猪最怕的是猪瘟病毒。”顾金国说,只有严格消杀才能保证安全,养猪产业才能持续下去。去年,农场出栏生猪15000头,成为名副其实的“万头猪场”。
在盐都采访“农二代”,记者发现,这些“新农人”都具有较高的文化程度,都是运用现代科技的行家里手,也都把网络电商作为产品销售的主渠道。“手机成为新农具,直播成为新农活,流量成为新农资”是他们身上鲜明的时代印记。
据盐都区农业农村局相关负责人介绍,截至目前,该区已创成省、市、区级示范家庭农场超300家,其中,“农二代”创办领办的农场占比逐年提高。“力争三年内家庭农场负责人平均年龄降到50岁以下,大专以上文化程度达到50%以上,让更多的年轻人传承农业发展,成为乡村产业振兴的主力军。”
顾金国介绍生猪饲养情况。 谷华 摄又是一年新春时。和父辈一样耕耘在乡村大地上,有知识、有技术的“农二代”们对自己的事业充满了坚定的信心。潘志鹏和刘小鹏说:“新的一年要加强日常管理,提高果品品质,打出自己的品牌,提高效益。”程彤说:“继续进行产学研合作,再在细分市场上下功夫,扩大品牌影响力,带动更多农户奔富路。”顾金国则说:“做农业,除了情怀还是情怀,我要通过自己的努力,让养猪成为受人尊敬的职业。”(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |